Microbiologie de l’alimentation au service de la santé - Micalis
15 juillet 2022UMR 1319 AgroParisTech, INRAE, Université Paris-Saclay
Orientation scientifique générale
L’unité Micalis a pour objectif le développement de recherches novatrices dans le champ de la microbiologie de l’alimentation au service de la santé. Les travaux de l’UMR portent sur les micro-organismes :
- leur rôle dans les processus de fabrication, préservation et digestion des produits alimentaires,
- leur rôle dans le maintien de la santé humaine, dans des pathologies liées à une dysbiose du microbiote intestinal ou dans des toxi-infections d’origine alimentaire et
- leur utilisation en tant qu’usines cellulaires de production de molécules d’intérêt. L’unité privilégie pour cela des approches de génétique bactérienne, de biologie moléculaire, de biochimie, de microbiologie cellulaire, d’expérimentation animale, de métagénomique, de microscopie à haute résolution, de biologie des systèmes et de synthèse.
Champs de recherche
Les travaux des vingt et une équipes de recherche de l’unité sont réalisés dans le cadre de trois pôles thématiques dont les objectifs scientifiques sont complémentaires :
- Caractériser les écosystèmes microbiens par l’analyse de leur métagénome, étudier leur écologie fonctionnelle ;
- Comprendre comment et pourquoi la diversité des populations microbiennes s’établit et se maintient au sein des écosystèmes alimentaires et digestifs ;
- Étudier les mécanismes de dialogue entre le microbiote intestinal et les cellules et organes animaux et humains ;
- Proposer des leviers d’action pour le maintien de l’équilibre du microbiote et des interactions bénéfiques avec l’hôte ou la matrice alimentaire.
Écosystèmes étudiés : microbiotes animaux et humains (intestinal, buccal, etc.), écosystèmes fromagers et carnés, levains alimentaires…
- Caractériser les mécanismes moléculaires d’adaptation des bactéries aux changements de leur environnement ;
- Étudier les conditions et les mécanismes moléculaires d’émergence des bactéries pathogènes dites opportunistes, notamment dans un contexte de dysbiose intestinale ;
- Développer des outils d’identification et définir des stratégies de prévention et de lutte contre les micro-organismes pathogènes d’origine alimentaire ;
- Étudier la réponse des micro-organismes utiles, d’altération ou pathogènes, aux contraintes de fabrication et de conservation des aliments.
Micro-organismes étudiés : bactéries lactiques, streptocoques, entérocoques, Listeria monocytogenes, Clostridioides difficile et clostridies commensaux, staphylocoques, Bacillus cereus, bactériophages…
- Étudier les micro-organismes ou les processus biologiques en tant que systèmes intégrés ;
- Caractériser les processus biologiques à l’échelle de la cellule microbienne unique et leur variabilité à l’échelle de la population cellulaire ;
- Modéliser pour pouvoir prédire et contrôler leur comportement ;
- Concevoir et construire des voies de biosynthèse d’intérêt et des châssis microbiens ad hoc pour des applications biotechnologiques en alimentation, chimie blanche ou santé.
Micro-organismes étudiés : Bacillus subtilis, firmicutes commensaux et pathogènes opportunistes, Escherichia coli, levures oléagineuses…